淘宝交易退款过程中，卖家不能操作同意退款协议的有以下两种情况：

退款状态“卖家拒绝退款协议，等待买家修改”，此状态需要买家修改退款协议后，卖家才能操作同意退款；

退款状态“退款协议达成，等待买家退货”，如该笔订单有购买运费险，此状态需要买家操作退货给卖家，卖家才能操作同意退款。